Notranja diferenciacija se izvaja od 1. do 9. razreda pri pouku vseh predmetov in pri drugih oblikah organiziranega dela tako, da učitelj v oddelku oziroma učni skupini diferencira delo z učenci glede na njihove zmožnosti.
V 8. in 9. razredu se pouk matematike, slovenščine in angleščine izvaja v manjših učnih skupinah, ki so heterogeno sestavljene.